中医经典基础研究室为中医临床基础（中医风湿病）研究院的分支机构，主要开展中医药对风湿免疫病的治疗机制、中医证候生物学特征以及风湿免疫病中医药新产品开发等研究。

中医经典基础研究室建有生物信息学、生物化学、分子病理学、细胞生物学、基因组学、转录组学、蛋白质组学及代谢组学等功能的系统生物学实验室。研究室依托国家重点学科、国家中医药管理局中医痹病学重点学科、浙江省一流学科中医临床基础，获评国家中医药管理局协同创新中心、国家中医药管理局第二批科学研究基地、国家中医药管理局科研三级重点免疫实验室、浙江省中医风湿免疫病重点实验室、浙江省2011免疫性疾病中医诊治协同创新中心。同时为中国科学院大连化学物理研究所代谢组学研究中心浙江分中心，浙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体，国家“黄大年式”教学团队。

研究室目前共有13人，研究员2人、副研究员6人、助理研究员1人，实验师3人，博士后1人，其中博士生导师2人，硕士生导师6人。

实验室先后承担了国家“973计划”项目，国家科技部重点研发项目，国家中医药管理局重点研发专项，国家自然科学基金等国家级项目及省部级科研项目近30余项，获国家科技进步二等奖1项，省部级奖项2项；发表SCI论文100余篇，国家发明专利授权8项。